Utiliser une approche à plusieurs volets pour étudier le régime alimentaire des chiens anciens –

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  • Les coprolites, ou excréments de chien fossilisés, sont souvent utilisés pour comprendre les préférences alimentaires des civilisations anciennes. Cependant, les échantillons sont souvent contaminés, ce qui rend l’analyse difficile. Une nouvelle étude, publiée dans Rapports scientifiques, utilise différentes techniques pour améliorer l’investigation des coprolites.

    «Nous nous intéressons à l’analyse des coprolites depuis de nombreuses années. Nous avons déjà tenté d’extraire de l’ADN et d’examiner le microbiome, mais les outils n’étaient pas aussi robustes», a déclaré Ripan Malhi (GNDP / GSP / IGOH), professeur d’anthropologie. «Pour autant que je sache, c’est la première fois que quelqu’un utilise plusieurs approches pour fournir un aperçu de l’alimentation quotidienne, de la santé et des tendances à long terme chez les chiens anciens des Amériques, le tout dans une seule étude.

    Les échantillons ont été récupérés à Cahokia, près de St. Louis, Missouri. À son apogée, Cahokia était un grand centre urbain avec une population plus grande que Londres ou Paris. Plusieurs autres enquêtes ont montré qu’il existe un chevauchement entre l’alimentation des chiens et des humains, soit parce que les chiens ont été nourris avec la même nourriture, soit parce qu’ils ont mangé des restes de nourriture humaine. Par conséquent, l’étude des coprolites fournit également un aperçu de la santé humaine et de l’alimentation.

    «Au départ, les habitants cultivaient des cultures telles que la courge et le tournesol. Au fur et à mesure que la ville s’agrandissait, on pense que le régime alimentaire est passé au maïs. Notre analyse suggère la même chose puisque nous avons vu que certains des chiens mangeaient également du maïs», a déclaré Kelsey Witt, chercheur postdoctoral à l’Université Brown et ancien doctorant au laboratoire Malhi.

    Les échantillons de maïs ont été examinés à l’aide d’une analyse isotopique stable, qui est utilisée pour mesurer différentes formes de carbone dans un échantillon. En fonction des concentrations de carbone, on peut identifier le type de plante consommée. Les chercheurs ont également étudié les restes d’animaux et de plantes dans les coprolites pour montrer que les noix, les raisins, une variété de poissons et le canard faisaient partie de l’alimentation des chiens.

    Les chercheurs ont également utilisé le séquençage de l’ADN pour déterminer le microbiome – la communauté des microbes – des coprolites. “La technique que nous avons utilisée est sortie en 2020. Elle nous a aidés à vérifier si les échantillons provenaient de chiens ou d’humains, ainsi qu’à confirmer les aspects généraux du régime alimentaire qui ne peuvent être réalisés qu’en comparant les microbiomes”, a déclaré Karthik Yarlagadda, doctorant à le laboratoire Malhi.

    Bien que les techniques soient nouvelles et plus sensibles, les coprolites sont encore difficiles à étudier pour un certain nombre de raisons. L’ADN a déjà traversé le processus digestif chez les chiens et a donc été décomposé. De plus, comme les échantillons sont anciens, l’ADN extrait se dégrade dans une large mesure en raison de l’altération.

    “L’un des plus grands défis auxquels nous avons été confrontés était de traiter la contamination des échantillons”, a déclaré Yarlagadda. “Ces échantillons ont été déposés il y a mille ans. Après cela, l’environnement a changé, certains microbes sont morts et de nouveaux microbes ont pris le relais. Tous ces facteurs compliquent l’analyse.”

    Les chercheurs travaillent avec les communautés autochtones pour mieux comprendre à quoi ressemblait le régime alimentaire de leurs ancêtres. «Comme il y a beaucoup de limites à nos recherches, parler aux membres de la communauté de ce que leurs ancêtres ont mangé et comment ils interagissent avec les chiens nous aide à mieux comprendre nos résultats», a déclaré Witt.

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