Une nouvelle recherche prouve la faisabilité de récupérer l’ADN bactérien des latrines anciennes –

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  • Une nouvelle étude publiée cette semaine démontre une première tentative d’utilisation des méthodes de détection bactérienne ancienne, pionnières dans les études d’épidémies passées, pour caractériser la diversité microbienne des anciens contenus intestinaux de deux latrines médiévales. Les résultats fournissent un aperçu des microbiomes des populations agricoles préindustrielles, ce qui peut fournir un contexte indispensable pour interpréter la santé des microbiomes modernes.

    Au fil des ans, les scientifiques ont noté que les personnes vivant dans des sociétés industrialisées ont un microbiome sensiblement différent de celui des communautés de chasseurs-cueilleurs du monde entier. À partir de là, un nombre croissant de preuves a lié les changements dans notre microbiome à de nombreuses maladies du monde industrialisé moderne, telles que les maladies inflammatoires de l’intestin, les allergies et l’obésité. L’étude actuelle aide à caractériser le changement des microbiomes intestinaux et met en évidence la valeur des latrines anciennes en tant que sources d’informations biomoléculaires.

    Microbiomes intestinaux anciens: explorer les entrailles de l’histoire

    Piers Mitchell de l’Université de Cambridge se spécialise dans le contenu intestinal d’anciens individus grâce à l’analyse de substrats inhabituels. En examinant le contenu des latrines archéologiques et des excréments desséchés au microscope, lui et son équipe ont appris des volumes sur les parasites intestinaux qui sévissaient chez nos ancêtres.

    “L’analyse microscopique peut montrer les œufs de vers parasites qui vivaient dans les intestins, mais de nombreux microbes dans l’intestin sont tout simplement trop petits pour être vus”, commente Mitchell. “Si nous voulons déterminer ce qui constitue un microbiome sain pour les gens modernes, nous devrions commencer à examiner les microbiomes de nos ancêtres qui vivaient avant l’utilisation d’antibiotiques, la restauration rapide et les autres pièges de l’industrialisation.”

    Kirsten Bos, spécialiste de l’ADN bactérien ancien de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine et co-responsable de l’étude, s’est d’abord montrée sceptique quant à la faisabilité d’enquêter sur le contenu des latrines qui étaient depuis longtemps hors service.

    «Au départ, nous ne savions pas si les signatures moléculaires du contenu intestinal survivraient dans les latrines pendant des centaines d’années. Beaucoup de nos succès dans la recherche bactérienne ancienne jusqu’à présent proviennent de tissus calcifiés comme les os et le tartre dentaire, qui offrent des des conditions de conservation. Néanmoins, “dit Bos,” j’espérais vraiment que les données ici changeraient ma perspective. “

    L’équipe a analysé les sédiments des latrines médiévales de Jérusalem et de Riga, en Lettonie, datant du 14ème au 15ème siècle de notre ère. Le premier défi consistait à distinguer les bactéries qui formaient autrefois l’intestin ancien de celles introduites par l’environnement, conséquence inévitable du travail avec du matériel archéologique.

    Les chercheurs ont identifié un large éventail de bactéries, archées, protozoaires, vers parasites, champignons et autres organismes, y compris de nombreux taxons connus pour habiter les intestins des humains modernes.

    «Il semble que les latrines sont en effet des sources précieuses d’informations à la fois microscopiques et moléculaires», conclut Bos.

    Pas de correspondance moderne pour les microbiomes anciens

    Susanna Sabin, une ancienne doctorante du MPI-SHH qui a codirigé l’étude, a comparé l’ADN des latrines à ceux provenant d’autres sources, y compris des microbiomes provenant de populations industrielles et fourragères, ainsi que des eaux usées et du sol.

    «Nous avons constaté que le microbiome de Jérusalem et de Riga avait certaines caractéristiques communes – ils présentaient des similitudes avec les microbiomes modernes des chasseurs-cueilleurs et les microbiomes industriels modernes, mais étaient suffisamment différents pour former leur propre groupe unique. Nous ne connaissons pas de système moderne. source qui héberge le contenu microbien que nous voyons ici. “

    L’utilisation de latrines, où les matières fécales de nombreuses personnes sont mélangées entre elles, a permis aux chercheurs un aperçu sans précédent des microbiomes de communautés entières.

    «Ces latrines nous ont donné des informations beaucoup plus représentatives sur la population préindustrielle plus large de ces régions qu’un échantillon de matières fécales individuel n’en aurait», explique Mitchell. “La combinaison des preuves de la microscopie optique et de l’analyse de l’ADN ancien nous permet d’identifier l’étonnante variété d’organismes présents dans les intestins de nos ancêtres qui ont vécu il y a des siècles.”

    Malgré la promesse de cette nouvelle approche pour étudier le microbiome, des défis demeurent.

    «Nous aurons besoin de beaucoup plus d’études sur d’autres sites archéologiques et périodes de temps pour comprendre pleinement comment le microbiome a changé dans les groupes humains au fil du temps», dit Bos. “Cependant, nous avons franchi une étape clé en montrant que la récupération d’ADN d’anciens contenus intestinaux des latrines passées peut fonctionner.”

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