Génome environnemental humain récupéré en l’absence de restes squelettiques —
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Les sédiments anciens des grottes ont déjà prouvé qu’ils préservaient l’ADN pendant des milliers d’années. La quantité de séquences récupérées dans les sédiments environnementaux est cependant généralement faible, ce qui complique les analyses. Une étude a maintenant récupéré avec succès trois génomes environnementaux de mammifères à partir d’un seul échantillon de sol d’il y a 25 000 ans, obtenu dans la grotte de Satsurblia dans le Caucase (Géorgie).
La grotte de Satsurblia a été habitée par des humains à différentes périodes du Paléolithique : à ce jour, un seul individu humain daté d’il y a 15 000 ans a été séquencé à partir de ce site. Aucun autre reste humain n’a été découvert dans les couches plus anciennes de la grotte.
L’approche innovante utilisée par l’équipe internationale dirigée par le professeur Ron Pinhasi et Pere Gelabert avec Susanna Sawyer de l’Université de Vienne en collaboration avec Pontus Skoglund et Anders Bergström du Francis Crick Institute à Londres permet l’identification de l’ADN dans des échantillons de matériel environnemental , en appliquant un séquençage étendu et d’énormes ressources d’analyse de données. Cette technique a permis la récupération d’un génome humain environnemental de la couche BIII de la grotte, qui est datée d’avant la période glaciaire, il y a environ 25 000 ans.
Cette nouvelle approche a démontré la faisabilité de récupérer des génomes environnementaux humains en l’absence de restes squelettiques. L’analyse du matériel génétique a révélé que le génome environnemental humain SAT29 représente une lignée humaine éteinte qui a contribué aux populations actuelles d’Eurasie occidentale. Pour valider les résultats, les chercheurs ont comparé le génome récupéré avec les séquences génétiques obtenues à partir des restes osseux de la grotte voisine de Dzudzuana, obtenant des preuves définitives de similitudes génétiques. Ce fait valide les résultats et exclut la possibilité d’une contamination moderne des échantillons.
En plus du génome humain identifié, d’autres génomes tels que le loup et le bison ont également été récupérés à partir des échantillons environnementaux. Les séquences ont été utilisées pour reconstituer l’histoire des populations de loups et de bisons du Caucase et permettront de mieux comprendre la dynamique des populations de ces espèces.
L’équipe prévoit maintenant d’effectuer d’autres analyses d’échantillons de sol de la grotte de Satsurbia dans le but de révéler les interactions entre la faune éteinte et les humains et l’effet des changements climatiques sur les populations de mammifères. La capacité de récupérer l’ADN à partir d’échantillons de sol nous permet de reconstituer l’évolution de l’ensemble des écosystèmes passés.
Source de l’histoire :
Matériaux fourni par Université de Vienne. Remarque : Le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.
