coproID prédit de manière fiable les sources des excréments anciens –

  • FrançaisFrançais



  • Les archives archéologiques sont jonchées d’excréments, une mine d’or potentielle pour des informations sur la santé et le régime alimentaire anciens, l’évolution des parasites, ainsi que l’écologie et l’évolution du microbiome. Le principal problème pour les chercheurs est de déterminer quelles matières fécales sont en cours d’examen. Une étude récente publiée dans la revue PeerJ, dirigé par Maxime Borry et Christina Warinner de l’Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine (MPI-SHH), présente “CoproID: une méthode fiable pour déduire les sources des paléofèces”.

    L’apprentissage automatique permet une classification fiable

    Après des milliers d’années, la source d’un morceau particulier de matières fécales peut être difficile à déterminer. Il est particulièrement difficile de distinguer les excréments humains et canins: ils sont de taille et de forme similaires, se trouvent sur les mêmes sites archéologiques et ont des compositions similaires. De plus, les chiens étaient au menu de nombreuses sociétés anciennes, et nos amis canins ont tendance à récupérer les excréments humains, rendant ainsi problématiques de simples tests génétiques, car de telles analyses peuvent renvoyer l’ADN des deux espèces.

    Afin d’accéder aux informations contenues dans les paléofèces, les chercheurs ont développé coproID (identification du coprolite). La méthode combine l’analyse de l’ADN de l’hôte ancien avec un logiciel d’apprentissage automatique formé sur les microbiomes dans les matières fécales modernes. En appliquant coproID à des ensembles de données nouvellement séquencés et déjà publiés, l’équipe de chercheurs du MPI-SHH, de l’Université de Harvard et de l’Université de l’Oklahoma ont pu prédire de manière fiable les sources de matières fécales anciennes, montrant qu’une combinaison d’ADN hôte et de les colonies de microbes vivant à l’intérieur des humains et des chiens permettent de distinguer avec précision leurs excréments.

    La capacité de classification fournit des informations sur la santé digestive

    «Une découverte inattendue de notre étude est la prise de conscience que les archives archéologiques sont pleines de crottes de chien», explique le professeur Christina Warinner, auteur principal de l’étude. Mais Warinner s’attend également à ce que coproID ait des applications plus larges, en particulier dans les domaines de la criminalistique, de l’écologie et des sciences du microbiome.

    La capacité d’identifier avec précision la source des matières fécales archéologiques permet d’étudier directement les changements dans la structure et la fonction du microbiome intestinal humain au fil du temps, ce qui, espèrent les chercheurs, fournira des informations sur les intolérances alimentaires et une foule d’autres problèmes de santé humaine. «L’identification des coprolites humains devrait être la première étape de l’analyse ancienne du microbiome humain», déclare le premier auteur de l’étude, Maxime Borry.

    “Avec des données supplémentaires sur les métagénomes intestinaux des chiens ruraux non occidentalisés, nous serons mieux en mesure de classer les excréments de chiens encore plus anciens comme étant en fait canins, par opposition à” incertains “”, ajoute Borry. À mesure que le catalogue de données sur le microbiome humain et canin s’élargit, coproID continuera à améliorer ses classifications et à mieux aider les chercheurs qui rencontrent les paléofèces dans une gamme de contextes géographiques et historiques.

    Source de l’histoire:

    Matériaux fourni par Institut Max Planck pour la science de l’histoire humaine. .

    N'oubliez pas de voter pour cet article !
    1 Star2 Stars3 Stars4 Stars5 Stars (No Ratings Yet)
    Loading...

    Laisser un commentaire

    Votre adresse e-mail ne sera pas publiée.