Guide du débutant sur la syntaxe R Markdown (avec aide-mémoire)
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Vous connaissez probablement déjà le langage de balisage Markdown. Dans l’ensemble, c’est un langage simple et efficace pour créer des documents en texte brut.
Cependant, Markdown peut ne pas être suffisant pour faire des rapports détaillés ou des documents techniques.
Ainsi, R Markdown en tant que format de fichier interactif a vu le jour en 2014 grâce à des packages comme knitr et Pandoc. Il combine du texte brut avec du code R en ligne, vous aidant à créer un document dynamique.
Pour créer des documents R Markdown, vous pouvez utiliser divers IDE et extensions pour le rendre possible. Cependant, l’IDE officiel qui vous aide à le faire est RStudio. Ainsi, dans cet article, nous allons nous concentrer sur l’apprentissage de la syntaxe R Markdown à l’aide de RStudio.
💡 : Si vous ne saviez pas, le langage de programmation R est utilisé pour le calcul statistique, la représentation graphique et les rapports.
Contents
Configuration de RStudio
RStudio facilite le travail avec R Markdown grâce à son processus de configuration. Il vous suffit d’installer un package, et vous avez presque terminé !
Une fois que vous avez installé RStudio, allez dans le menu Outils et sélectionnez le Installer des packages option.
Dans la nouvelle boîte de dialogue, recherchez rmarkdown et installez-le.
💡 Pour utiliser des morceaux de code comme python, vous devez installer des packages supplémentaires. RStudio vous invitera à installer les packages requis lorsque vous essayez de les inclure dans votre document.
Une fois installé, vous pouvez démarrer un nouveau document rmarkdown en sélectionnant Fichier > Nouveau > RMarkdown.
Cela vous demandera d’ajouter des informations concernant le document (métadonnées du fichier). Remplissez-les.
Ou vous pouvez créer un document vide pour repartir à zéro.
Syntaxe RMarkdown
Puisque c’est juste un Markdown “amélioré“, la plupart des syntaxes restent les mêmes.
Il y aurait quelques différences lorsque vous ajouteriez des éléments qui ne sont généralement pas pris en charge par Markdown, comme les tableaux, les équations mathématiques, les morceaux de code, etc.
Voici un bref résumé de ce que nous couvrirons :
| Nom du bloc RMarkdown | Syntaxe appropriée |
|---|---|
| Titre | # Niveau 1 ## Niveau 2 ### Niveau 3Niveau 1 =======Niveau 2 ——- |
| Accent | *Italique* _Italique_**Gras**__Gras__ |
| Liste | Liste non ordonnée * Item * Item + Sub + SubListe ordonnée 1 Item 2. Item + Sub + Sub |
| Morceau de code | Bloc de code normal
“` Bloc de code R “`{r} “code” en ligne |
| Liens | Lien simple : collez l’URL Lien avec légende : [Text](URL_Adresse) Lien vers une rubrique : [Text](#Nom-de-la-section) |
| Tableau | | Colonne | Colonne | Colonne | | —— | —— | —— | | Article | Article | Article | | Article | Article | Article | |
| Équations | Equations en ligne : $Equations$
Afficher les équations : $$Équations$$ |
| Images | Sans légende : 
Avec Légende :  |
| Bloc de citations | > Tapez vos blocs de citations |
| Divers | Super Script : Texte^Exposant^
Règle horizontale ou saut de page : ========= ou ———- Pour un saut de ligne manuel, fin de ligne avec 2+ espaces |
En haut d’un document Rmarkdown, il y a un en-tête YAML entre deux ---. Ce bloc contient généralement un titre, un auteur, une date et le type de fichier que vous souhaitez générer, définissant le aspect final du document.
Le type de fichier est soit HTML, PDF ou Word.
---
title: "Sample"
author: "Houssen"
date: "2023-02-08"
output: pdf_document
---Cela peut être ajouté lors de la configuration du nouveau document dans RStudio, comme indiqué dans la section ci-dessus.
Titre
Dans R Markdown, nous pouvons donner un entête selon deux méthodes différentes. Soit nous pouvons utiliser le caractère # pour différents niveaux d’en-tête comme :
# Entête niveau Level 1
## Entête niveau 2
### Entête niveau 3
#### Entête niveau 4
##### Entête niveau 5
###### Entête niveau 6Ou, = et - pour les rubriques de niveau 1 et 2, respectivement.
Level 1 Heading
===============
Level 2 Heading
---------------
Listes
Il existe deux types de listes, la première est une Liste non ordonnée ou liste par puces :
* Item 1
* Item 2
+ Sub 1
+ Sub 2
* Item 3Et le second est le Liste ordonnée qui est le type numéroté :
1. Item 1
2. Item 2
+ Sub 1
+ Sub 2
3. Item 3Mettre en forme le texte dans un paragraphe
Il existe plusieurs façons de formater du texte.
Vous pouvez mettre l’accent sur le texte comme l’italique ou le gras en utilisant :
- Italique : placez le texte entre des astérisques simples ou un trait de soulignement unique
- Gras : placez le texte entre des doubles astérisques ou des doubles traits de soulignement.
*C'est un texte en italique*
_This is Italicized text_
**C'est un texte en gras**
__C'est un texte en gras__Si vous souhaitez ajouter un exposant à un texte, placez le texte qui doit être en exposant entre le symbole ^.
Normal Text^super_script^Ou, si vous souhaitez ajouter du texte barré, placez le texte entre deux ~~ symbole.
~Texte barré~~
Ajout de morceaux de code
L’intégration du code est l’objectif principal de R Markdown. Il nous permet d’ajouter des codes de plusieurs façons.
Ajout d’un bloc de code normal.
Si vous souhaitez ajouter un bloc de code normal pour le séparer d’un autre texte, utilisez la syntaxe ci-dessous :
```
Votre code ici
```Vous pouvez également essayer d’ajouter des blocs de code avec la coloration syntaxique.
Vous devez ajouter le langage entre accolades si vous souhaitez ajouter du code et intégrer sa sortie dans le document :
```{Language}
Your Code Goes Here
```Ou, vous pouvez ajouter des codes en ligne en plaçant le texte respectif entre les symboles `.
The `code` is a codeVoici à quoi cela devrait ressembler :
Liens
Pour ajouter un lien en texte brut, collez simplement le lien tel qu’il est dans une ligne.
https://maniacgeek.netOu, pour créer un lien hypertexte, utilisez la syntaxe :
[Text](URL Address)Une autre façon d’ajouter un lien est de créer un lien vers une section de la page. Dans ce cas, utilisez la syntaxe :
[Text](#Name-of-section)
Les tableaux
La syntaxe pour ajouter des tables est similaire à celle de Markdown.
|Column|Column|Column|
| --- | --- | --- |
|Item|Item|Item|
|Item|Item|Item|
Images
Pour ajouter une image, utilisez la syntaxe :
ou
Bloc de citations
RMarkdown vous permet d’ajouter des guillemets en bloc. Pour l’utiliser, utilisez le > (supérieur à) devant la ligne/le paragraphe que vous souhaitez citer.
Un text normal
>Un texte cité
Équations
En utilisant RMarkdown, vous pouvez ajouter des équations ou afficher des équations LaTex complexes.
Par exemple:
In line Pythagorean Theorem: $Equation$
Display Equation: $$Equation$$
Règle horizontale / Saut de page
Utilisez au moins trois astérisques ou tirets pour ajouter une règle horizontale ou un saut de page.
************
------------Si vous souhaitez ajouter un saut de ligne manuel, terminez cette ligne par deux espaces ou plus.
R Markdown (aide-mémoire)
Que vous travailliez avec des rapports scientifiques ou que vous souhaitiez créer tout autre type de document dynamique, R Markdown est votre meilleur pari pour tirer le meilleur parti de Markdown.
Voici un aide-mémoire en anglais pour vous aider à tout résumer :
💬 Avons-nous oublié quelque chose que vous utilisez avec R Markdown ? Partagez vos pensées dans les commentaires ci-dessous.
