Outil de réalité virtuelle à utiliser dans la lutte contre la maladie —


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  • La science possède la technologie pour mesurer l’activité de chaque gène dans une seule cellule individuelle, et une seule expérience peut générer des milliers de cellules de données. Des chercheurs de l’Université de Lund en Suède ont désormais révolutionné la façon dont ces données sont analysées, en utilisant la technologie des jeux vidéo 3D. L’étude est publiée dans la revue iScience.

    Les techniques avancées de séquençage de l’ADN et de l’ARN ont ouvert la possibilité d’étudier les cellules individuelles dans les tissus d’une manière plus complète qu’auparavant. Le grand défi avec ces techniques de séquençage est qu’elles conduisent à de grandes quantités de données.

    “Lorsque vous voulez distinguer les cellules cancéreuses des cellules normales, par exemple, vous devez examiner des milliers de cellules pour bien comprendre, ce qui se traduit par d’énormes quantités de données numériques”, explique Shamit Soneji, chercheur en biologie computationnelle à l’Université de Lund.

    Pour rendre ces données compréhensibles, chaque cellule est positionnée mathématiquement dans un espace tridimensionnel pour former une « feuille de route » des cellules et de la manière dont elles sont liées les unes aux autres. Cependant, ces cartes peuvent être difficiles à naviguer à l’aide d’un ordinateur de bureau ordinaire.

    « Pouvoir parcourir ses propres données et les manipuler de manière intuitive et efficace leur donne une toute nouvelle compréhension. J’irais même jusqu’à dire que l’on pense différemment en VR, grâce à la capacité de la technique à impliquer son corps dans le processus d’analyse », explique Mattias Wallergård. chercheur en design d’interaction et réalité virtuelle à l’Université de Lund.

    L’équipe de l’Université de Lund a développé le logiciel CellexalVR ; un environnement de réalité virtuelle qui permet aux chercheurs d’utiliser des outils intuitifs pour explorer toutes leurs données en un seul endroit. Des cartes 3D de cellules qui ont été calculées à partir de l’activité des gènes et d’autres informations capturées à partir de cellules individuelles peuvent être affichées, et le chercheur peut clairement voir quels gènes sont actifs lorsque certains types de cellules sont formés.

    À l’aide d’un casque VR, l’utilisateur dispose d’un univers complet de populations de cellules et peut déterminer plus précisément comment les cellules sont liées les unes aux autres. À l’aide de deux contrôleurs manuels, ils peuvent sélectionner des cellules d’intérêt pour une analyse plus approfondie avec de simples gestes de la main comme s’il s’agissait d’objets physiques.

    Puisque l’espace n’est pas un problème, il est possible d’avoir plusieurs cartes cellulaires dans la même “pièce” et de les comparer côte à côte, ce qui est difficile sur un écran d’ordinateur traditionnel. Les chercheurs peuvent également se rencontrer dans ce monde de réalité virtuelle pour analyser des données ensemble, malgré le fait qu’ils se trouvent dans des endroits différents géographiquement.

    « Même si vous n’êtes pas familiarisé avec la programmation informatique, ce type d’analyse est ouvert à tous. Un monde virtuel est un domaine de recherche en développement rapide qui a un potentiel énorme pour les scientifiques qui ont besoin d’accéder et de traiter des mégadonnées manière collaborative », conclut Shamit Soneji.

    Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur https://www.cellexalvr.med.lu.se/

    Source de l’histoire :

    Matériaux fourni par Université de Lund. Remarque : Le contenu peut être modifié pour le style et la longueur.

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